学校拥有一支高素质的师资队伍，其中包括中国科学院院士28人，中国工程院院士3人，中国科学院外籍院士1人，第三世界科学院院士4人，俄罗斯科学院院士1人，加拿大皇家科学院院士1人，“千人计划”创新人才29人、创业人才14人，“外专千人计划”入选者2人，“万人计划”科技创新领军人才4人、百千万工程领军人才1人、教学名师1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授90人、讲座教授25人，国家杰出青年基金获得者97人，国家级教学名师10人，国务院学位委员会学科评议组成员19人，国家级有突出贡献的中青年科学、技术、管理专家16人，“973计划”和重大科学研究计划项目首席科学家36人次，“青年千人计划”入选者45人，“万人计划”青年拔尖人才4人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者238人，“百千万人才工程”国家级人选30人。

• 一级学科国家重点学科
  地质学，化学，计算机科学与技术，社会学，生物学，数学，天文学，物理学，中国语言文学
• 二级学科国家重点学科
  马克思主义哲学，政治经济学，气象学，材料物理与化学，环境科学，企业管理，气象学，情报学，世界史，外科学（普外），微电子学与固体电子学，英语语言文学，自然地理学
• 国家重点（培育）学科
  世界经济，大气物理学与大气环境，世界经济，环境工程，水文与水资源，大气物理与大气环境，环境工程，经济法学，水文学及水资源，中国近现代史

• 国家重点实验室
  医药生物技术国家重点实验室（南京大学）、配位化学国家重点实验室、计算机软件新技术国家重点实验室、内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室、固体微结构物理国家重点实验室、污染控制与资源化研究国家重点实验室、生命分析化学国家重点实验室
• 教育部重点实验室
  海岸与海岛开发、中尺度灾害性天气、介观化学、近代声学、现代天文与天体物理、模式动物与疾病研究、表生地球化学
• 国家实验室
  微结构国家实验室
• 国家工程技术研究中心
  国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心
• 教育部人文社会科学重点研究基地
  长江三角洲经济社会发展研究中心、中华民国史研究中心、马克思主义社会理论研究中心、中国现代文学研究中心