有专任教师2490人，其中高级职称1771人。有中国科学院、中国工程院院士38人，其中双聘院士12人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授58人、讲座教授34人，“国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）”项目首席科学家29人。有直属院（系）30个，设有本科专业69个，一级学科博士学位授权点35个，博士学位授权学科、专业点154个（其中自设30个，专业学位2个），硕士学位授权学科、专业点243个（其中自设51个，专业学位24个），并设有29个博士后科研流动站。有11个一级学科国家重点学科、19个二级学科国家重点学科，10个上海高校一流学科（A类）。有国家重点实验室5个，教育部工程研究中心4个，教育部重点实验室12个，卫生部重点实验室9个，总后卫生部重点实验室1个，上海市重点实验室10个。学校还拥有中山医院、华山医院等6家直属附属医院和一批非直属附属医院。

• 一级学科国家重点学科
  理论经济学，哲学，电子科学与技术，化学，基础医学，生物学，数学，物理学，新闻传播学，中国语言文学，中西医结合
• 二级学科国家重点学科
  产业经济学，儿科学，社会医学与卫生事业管理，耳鼻咽喉科学，妇产科学，国际关系，计算机软件与理论，金融学，历史地理学，流行病与卫生统计学，内科学（传染病，肾病，心血管病），神经病学，外科学（普外），眼科学，药剂学，影像医学与核医学，政治学理论，中国近现代史，肿瘤学
• 国家重点（培育）学科
  材料物理与化学，管理科学与工程，金融学，产业经济学，政治学理论，国际关系，历史地理学，中国近现代史，计算机软件与理论，内科学（传染病，肾病，心血管病），社会医学与卫生事业管理

• 国家重点实验室
  医学神经生物学国家重点实验室、遗传工程国家重点实验室、专用集成电路与系统国家重点实验室、应用表面物理国家重点实验室、聚合物分子工程国家重点实验室
• 教育部重点实验室
  非线性数学模型与方法、癌变与侵袭原理、生物多样性与生态工程、医学分子病毒学、计算物质科学、计算物质科学、微纳光子结构、应用离子束物理、现代人类学、分子医学、智能化递药、公共卫生安全、B类重点实验室
• 教育部人文社会科学重点研究基地
  美国研究中心、中国社会主义市场经济研究中心、复旦大学世界经济研究所、历史地理研究中心、信息与传播研究中心、当代国外马克思主义研究中心、中国古代文学研究中心、中外现代化进程研究中心